Họ tên đầy đủ của Bokassa là Jean Bedel Bokassa, thuộc bộ tộc M'Baka. Ông sinh ngày 22 tháng 2 năm 1921, là một trong 12 người con của Mindogon Bokassa, một trưởng làng và vợ Marie Yokowo ở Bobangui, một ngôi làng M'Baka lớn trong lưu vực Lobaye, rìa của khu rừng xích đạo, sau đó là một một phần của Xích đạo châu Phi thuộc Pháp, cách Bangui khoảng 80 km về phía tây nam.[1] Mindogon bị buộc phải cho người dân làng mình làm việc cho công ty lâm nghiệp Forestière của Pháp. Sau đó Mindogon quyết định chống theo mệnh lệnh của Pháp, ông đã thả một số dân làng đang bị Forestière bắt làm con tin. Công ty coi đây là một hành động nổi loạn, vì vậy họ đã giam giữ Mindogon.[1] Vào ngày 13 tháng 11 năm 1927, ông bị đánh đến chết tại quảng trường thị trấn ngay bên ngoài văn phòng quận. Một tuần sau, mẹ của Bokassa không thể chịu đựng nỗi đau mất chồng, đã tự tử.[1][2]

Trong thời điểm mồ côi cha mẹ, Bokassa đang là học sinh bậc tiểu học tại Trường Sainte Jeane d'Arc ở M'Baiki. Trong thời gian học của mình, ông trở nên đặc biệt yêu thích một cuốn sách ngữ pháp tiếng Pháp của một tác giả tên Jean Bédel. Các giáo viên nhận thấy sự gắn bó này và bắt đầu gọi Bokassa là "Jean-Bédel".[3]

Tuổi thiếu niên, ông học ở Trường trung học École Saint-Louis ở Bangu. Sau khi tốt nghiệp vào năm 1939, Bokassa đã gia nhập quân đội thực dân Pháp với tư cách là một tirailleur (tạm dịch: bộ binh hạng nhẹ) vào ngày 19 tháng 5 năm 1939.[3]